На счету Кононенко три полета в космос, в общей сложности он провел на МКС почти полтора года. Последний полет состоялся в декабре 2015 года. В 2009 году удостоен звания Героя России. В 2011 году Кононенко получил медаль "За заслуги в освоении космоса", а в 2014 году – орден "За заслуги перед Отечеством" IV степени.